德川幕府统治下的江户时代,位于丰后的羽根藩内,青年武士檀野庄三郎(冈田准一饰)和友人因为小事起了争执,继而拔刀伤及对方。家老中根兵右卫门(串田和美饰)赦免他的死罪,转而命其监视住在城外小山村的武士户田秋谷(役所广司饰)的动向。户田曾担任郡奉行,与家老是儿时好友。七年前他涉嫌和藩主的侧室(寺岛忍饰)通奸而被问罪,由于秋谷一直负责撰写羽根藩家谱,因此藩主命其在十年内完成家谱的编写,并于完工之日切腹自杀。抱着种种疑惑,庄三郎见到了淡定自若的秋谷及其妻子织江(原田美枝子饰)、女儿薰(堀北真希饰)以及少年武士郁太郎